За дзейнасцю ЕГУ сочыць міжнародная Кіраўнічая рада. Кіраўнічая рада ЕГУ нясе адказнасць за стратэгічнае кіраванне, фінансаванне і эфектыўную дзейнасць універсітэта.
Наступны склад Кіраўнічай рады ЕГУ быў прызначаны на тры гады пачынаючы з 14 снежня 2016 г.:
Старшыня Пэр Карлсэн (Данія)
Былы амбасадар Даніі ў Латвіі
Намесніца старшыні Ева Срэйбер (Швецыя)
Былая віцэ-прэзідэнт Еўрапейскага інвестіцыйнага банка
акад. Анатоль Міхайлаў, ex officio (Беларусь)
Прэзідэнт Еўрапейскага гуманітарнага ўніверсітэта
праф. Сяргей Ігнатаў, ex officio (Балгарыя)
Рэктар Еўрапейскага гуманітарнага ўніверсітэта
праф. Людгер Кунхардт (Германія)
Дырэктар Цэнтра даследванняў еўрапейскай інтэграцыі, Універсітэт Бона
праф. Майкл Кенадзі (ЗША)
Прафесар сацыялогіі, міжнародных і публічных даследванняў, Браўнаўскі ўніверсітэт
Міндаўгас Качараўскіс (Літва)
Дарадца Дэпартамента развіваючага супрацоўніцтва МЗС Літвы
Арцём Анісімаў (Беларусь)
Выпускнік ЕГУ, Адвакат у галіне касмічнага права ў Noosphere Ventures