Усеагульны сход сузаснавальнікаў з’яўляецца вышэйшым органам кіравання ўніверсітэтам. Усеагульны сход сузаснавальнікаў прымае рашэнні ў галіне фінансавай палітыкі і кіравання ўніверсітэтам. У працы Схода ўдзельнічаюць арганізацыі, якія спрыялі ўзнаўленню дзейнасці ЕГУ ў Вільні пасля яго закрыцця ў Мінску. У склад Усеагульнага сходу сузаснавальнікаў уваходзяць: Цэнтр даследванняў Усходняй Еўропы (Літва), Фонд «Адкрытае грамадства» (ЗША) і Фонд Еўразія (ЗША).
Непасрэдна ў працы Ўсеагульнага схода сузаснавальнікаў прымаюць удзел:
Хортан Бібі-Сэнтэр, прэзідэнт «Фонда Еўразія»
Эйтвідас Баярунас, асбасадар па надзвычайных даручэннях Міністэрства замежных спраў Літвы і кіраўнік Праўлення Цэнтра даследванняў Усходняй Еўропы
Леанард Бернарда, рэгіянальны дырэктар па рэгіёне Еўразіі фонда «Адкрытае грамадства»