Натхнёны мадэллю заходняга ўніверсітэта, праф. Міхайлаў стаў ініцыятарам стварэння ЕГУ у Мінску і ад 1992 да 2014 года быў першым Рэктарам універсітэта. З 1 кастрычніка 2014 года праф. Міхайлаў займаў пасаду Прэзідэнта ЕГУ.
Па словах праф. Міхайлава: «Ніколі не мог сабе ўявіць у далёкім 1992 годзе, што знаходжанне на нязвыклай для мяне адміністрацыйнай пасадзе можа зацягнуцца на такі працяглы тэрмін. Мой першы настойлівы зварот аб адстаўцы з пасады Рэктара меў месца ў 2001 годзе, калі я адчуў цяжар захавання гэтага нязвыклага праекта ў вельмі неспрыяльных умовах. У той час, аднак, было цяжка прадбачыць увесь драматызм аднаўлення і існавання ЕГУ у выгнанні. Магу толькі адзначыць, што кожны раз узнікалі абставіны, якія прадвызначалі мае паводзіны ў дачыненні да праекта».
«Мяркую, што цяпер, цягам чарговага этапа трансфармацыі ўніверсітэта і яго праграм, надышоў найбольш спрыяльны момант для майго рашэння. Упэўнены, што патэнцыйныя магчымасці нашага праекта далёка не вычарпаныя ў эпоху новых выклікаў, з якімі сутыкаецца сучасная гуманітарная адукацыя», – дадаў праф. Міхайлаў.
Выказваючы шчырую ўдзячнасць Заснавальніку ўніверсітэта за прысвячэнне сябе станаўленню ЕГУ, Рэктар праф. Сяргей Ігнатаў адзначыў: «З глыбокай павагай я прызнаю выбітны ўнёсак Анатоля Арсеньевіча ў развіццё Універсітэта і той значны ўплыў, які ён зрабіў на лёс тысячаў людзей розных узростаў у Беларусі, Літве і ўсім свеце. Дзякуючы Анатолю Арсеньевічу і яго тонкаму філасофскаму гумару, ва Універсітэце сфармавалася асаблівая атмасфера сапраўднага еўрапейскага інтэлектуальнага жыцця; усведамленне гэтага будзе падтрымліваць нас і спрыяць развіццю нашага агульнага праекта».
Праф. Міхайлаў працягне выкладчыцкую і даследчую дзейнасць у ЕГУ у якасці прафесара філасофіі. Сярод сфераў яго навуковых інтарэсаў – фенаменалогія, герменеўтыка і філасофія адукацыі.
У 1966 годзе Анатоль Міхайлаў атрымаў ступень доктара філасофіі ў Енскім універсітэце імя Фрыдрыха Шылера (Германія). Праф. Міхайлаў з’яўляецца чальцом Нацыянальнай акадэміі навук Беларусі і Еўрапейскай акадэміі навук і мастацтваў.
У 2003 годзе Анатоль Міхайлаў быў уганараваны званнем афіцэра Ордэна Акадэмічных пальмаў Францыі, у 2004 годзе атрымаў прэстыжную ўзнагароду Германіі – Медаль Гётэ, у 2007 годзе – дэмакратычную прэмію амерыканскага Фонду імя Іона Раціу, а ў 2008 годзе – камандорскі крыж ордэна «За заслугі перад Літвой». У 2019 годзе праф. Міхайлаў стаў Ганаровым доктарам Расійскага дзяржаўнага педагагічнага ўніверсітэта імя А.І. Герцэна.