1992-2004 гады: Мінск, Беларусь
Ідэя стварэння Еўрапейскага гуманітарнага ўніверсітэта нарадзілася на сустрэчы акадэміка Анатоля Міхайлава і Мітрапаліта Мінскага і Слуцкага Філарэта, якая адбылася ў рэзідэнцыі Мітрапаліта ў канцы 1991 года. Канчатковы вобраз універсітэта быў сфарміраваны падчас кансультацый у сакратарыяце ААН у Вене пры актыўным удзеле Айрын Мелуп, ветэрана гэтай арганізацыі.
Пазней, у 1992 г., да ініцыятараў праекта далучыліся ў якасці заснавальнікаў Міністэрства адукацыі, Міністэрства культуры, Нацыянальная акадэмія навук, Мінгарвыканкам, шэраг буйных дзеячаў навукі і культуры Беларусі. Беларускі бізнэс на пачатковым этапе таксама аказаў падтрымку станаўленню універсітэта.
ЕГУ быў першым універсітэтам у Беларусі створаным па ўзоры заходніх каледжаў і універсітэтаў. Яго асновай было фундаментальные вывучэнне гуманітарных і сацыяльных навук. Ініцыятары праекта імкнуліся стварыць новы незалежны універсітэт, які спрыяў бы адраджэнню каштоўнасцяў еўрапейскай цывілізацыі ў Беларусі ва ўмовах пераходу ад таталітарызму да адкрытай і свабоднай грамадзянскай супольнасці.
Першым рэктарам ЕГУ Савет універсітэта абраў акадэміка Анатоля Міхайлава. Маральную падтрымку праекту Еўрапейскага гуманітарнага ўніверсітэта выказалі амбасады еўрапейскіх краін і ЗША, многія вядомыя палітычныя і грамадскія дзеячы.
Першыя міжнародныя праграмы ў ЕГУ пачалі ажыццяўляцца толькі з 1993 г., калі па ініцыятыве Амбасады Францыі ў Мінску быў створаны франка-беларускі факультэт палітычных і адміністрацыйных навук. Вялікі ўклад у стварэнне гэтага факультэта ўнёс тагачасны пасол Францыі Клод Жаліф.
З 1993 г. пачалі ажыццяўляцца праграмы супрацоўніцтва з Амбасадай ЗША у Мінску, якую ў той час узначальваў амбасадар Дэвід Суорц. У 1995 г. ва ўніверсітэце створаны Цэнтр амерыканскіх даследаванняў, на базе якога была заснаваная Беларуская асацыяцыя амерыканскіх даследаванняў, праводзіліся міжнародныя студэнцкія і навуковыя канферэнцыі па амерыканістыцы.
У 1994 г. універсітэт упершыню атрымаў грант ад Інстытута «Адкрытае грамадства» (Будапешт) на рэканструкцыю будынка вучэбна-адміністрацыйнага корпуса на пр. Францішка Скарыны, 24. Супрацоўніцтва ЕГУ з Інстытутам «Адкрытае грамадства» і асабліва з праграмай HESP (Праграма падтрымкі вышэйшай адукацыі) працягваецца да сённяшняга дня.
Адным з найбольш значных дасягненняў мінскага перыяду ЕГУ стаў міжнародны праект па рэструктураванні юрыдычнай адукацыі ў Беларусі, рэалізаваны на базе факультэта права ЕГУ у межах плана транс’еўрапейскага супрацоўніцтва ў галіне вышэйшай адукацыі (TEMPUS).
У 1997 г. Амбасада Германіі ў Мінску прыняла рашэнне аб падтрымцы праекта стварэння ў ЕГУ Інстытута нямецкіх даследаванняў.
У гэтым жа годзе ў ЕГУ утвораны Цэнтр гендэрных даследаванняў пры падтрымцы Фонду МакАртураў.
У 1998 г. была пачата рэалізацыя праекта па стварэнні ў ЕГУ праграмы еўрапейскіх даследаванняў.
У Мінску Еўрапейскі гуманітарны універсітэт размяшчаўся ў вучэбна-адміністрацыйным корпусе па адрасе: пр-т Ф. Скарыны, 24, і ў навучальным корпусе па адрасе: вул. П. Броўкі, 3а. У ЕГУ працавала 8 факультэтаў: факультэты права, філасофіі, эканомікі, мастацтваў, псіхалогіі, інфармацыйных тэхналогій, Франка-беларускі факультэт палітычных навук і праблем еўрапейскай інтэграцыі, Факультэт тэалогіі ім. Св. Мяфодзія і Кірыла, а таксама факультэты даўніверсітэцкай падрыхтоўкі і павышэння кваліфікацыі. Увогуле ўніверсітэт прапаноўваў праграмы бакалаўрскай падрыхтоўкі па 13-ці спецыяльнасцях з глыбокім вывучэннем гуманітарыстыкі, замежных і класічных моў, сучасных інфармацыйных тэхналогій. Акрамя гэтага, актыўна развіваліся магістарскія, аспіранцкія і дактаранцкія праграмы.
У бібліятэцы ЕГУ была сабраная унікальная калекцыя сучасных і класічных выданняў па многіх напрамках гуманітарных і сацыяльных навук, падборка сучаснай франка- і нямецкамоўнай спецыялізаванай літаратуры не мела роўных у Беларусі.
ЕГУ стаў месцам правядзення значных культурных акцый, навуковых канферэнцый, семінараў міжнароднага значэння. У межах міжнароднага супрацоўніцтва пры універсітэце былі створаны і актыўна працавалі ўнікальныя для Беларусі даследчыя цэнтры, інстытуты і праграмы, якія стваралі базу для глыбокіх даследаванняў у розных галінах гуманітарных ведаў.
У 2002 г. Еўрапейскі гуманітарны ўніверсітэт адзначыў свой 10-гадовы юбілей. Напярэдадні гэтай падзеі ЕГУ стаў адным з першых членаў Асацыяцыі еўрапейскіх універсітэтаў Campus Europae.
У выніку спробаў беларускі уладаў падарваць акадэмічныя свабоды і аўтаномію універсітэта ЕГУ быў вымушаны спыніць сваю дзейнасць у Беларусі. 27 ліпеня 2004 г. Міністэрства адукацыі Рэспублікі Беларусь анулявала ліцэнзію ЕГУ на аказанне адукацыйных паслуг. Студэнты і выкладчыкі ЕГУ сталі на абарону універсітэта і правялі шэраг публічных акцый і пратэстаў у надзеі аднавіць працу ЕГУ.
2005 год – зараз: Вільня, Літва
Абарона акадэмічных свабод была плённай. Дзякуючы палітычнай, арганізацыйнай і фінансавай падтрымцы Літоўскага ўрада, Еўрапейскай Камісіі, урадаў, грамадскіх арганізацый і фондаў ЗША і краін Еўрапейскага саюза, ЕГУ здолеў аднавіць сваю дзейнасць у Літве і ў 2006 г. атрымаў афіцыйны статус прыватнага літоўскага універсітэта. Гэта дазволіла ЕГУ працягнуць набор студэнтаў з Беларусі і рэгіёну Усходняй Еўропы і даць ім унікальныя адукацыйныя магчымасці, заснаваныя на еўрапейскіх акадэмічных каштоўнасцях і мадэлі ліберальнай адукацыі (англ. liberal arts).
Пасля пераезду ў Літву ЕГУ у доўгачасовае карыстанне былі перададзеныя навучальныя плошчы ўніверсітэта Мікаласа Ромерыса ў Вільні, у якім да 2018 года размяшчаўся навучальны корпус універсітэта.
Праз два гады пасля пераезду ЕГУ у Вільню адбыўся першы выпуск магістраў, а яшчэ праз год – бакалаўраў, якія прайшлі курс навучання ў Літве.
Сёння універсітэт прапануе вочныя і пастаянныя сесійныя (завочныя) навучальныя праграмы для студэнтаў бакалаўрыяту, магістратуры і дактарантуры ў галіне гуманітарных і сацыяльных навук. У ЕГУ практыкуецца індывідуальны падыход да кожнага студэнта. Менавіта гэта дазваляе максімальна раскрыць творчы і акадэмічны патэнцыял студэнтаў, развіць навыкі крытычнага і творчага мыслення, гнуткасць і здольнасць навучацца ў далейшым на працягу ўсяго жыцця.
ЕГУ з’яўляецца ўдзельнікам Балонскага працэсу і ажыццяўляе адукацыйны працэс у адпаведнасці са стандартамі Еўрапейскага прасторы вышэйшай адукацыі. Дыпломы ЕГУ прызнаюцца ва ўсім Еўрапейскім саюзе, а таксама ў іншых краінах свету.
У 2012 г. у Віленскай Ратушы адбылася ўрачыстая цырымонія з нагоды 20-годдзя ЕГУ, у якой прынялі ўдзел вядомыя палітычныя і акадэмічныя дзеячы Літвы і замежжа, а таксама акадэмічная супольнасць і выпускнікі ЕГУ.
14 чэрвеня 2013 г. ЕГУ быў узнагароджаны Прэміяй Свабоды Атлантычнага савета за значны ўнёсак універсітэта і яго кіраўніцтва ў падтрыманне і распаўсюд свабоды і дэмакратыі.
У лістападзе 2017 г. Еўрапейскі гуманітарны універсітэт ўрачыста адзначыў 25-годдзе свайго існавання. На цырымоніі было абвешчана аб прысваенні ступені Ганаровага доктара ЕГУ былому старшыні Еўрапейскага парламента д-ру Хансу-Герту Пётэрынгу і прэзідэнту Амерыканскай акадэміі навук і мастацтваў д-ру Джонатану Фэнтану, а таксама адзначаны заслугі членаў акадэмічнай супольнасці ЕГУ перад універсітэтам.
Сімвалічна, што ў год свайго 25-годдзя ЕГУ распачаў працу ў новым навучальным корпусе – у будынку былога Аўгусцінскага манастыра ў Старым горадзе Вільні. 3 мая 2018 г. новы корпус быў адкрыты Рэктарам ЕГУ праф. Сяргеем Ігнатавым, Прэзідэнтам ЕГУ акадэмікам Анатолем Міхайлавым і віцэ-міністрам замежных спраў Літвы Дарусам Скусявічусам. Цяперашні корпус ЕГУ быў узведзены напрыканцы XVIII стагоддзя і захаваў элементы арыгінальнага інтэр’еру. Ён быў афіцыйна перададзены ЕГУ рашэннем XVII Урада Літоўскай Рэспублікі.