Акадэмічная супольнасць ЕГУ упэўнена ў тым, што аўдыт з’яўляецца істотным сродкам забяспечання празрыстасці і трываласці аперацыйнай дзейнасці і развіцця ўнутрыўніверсітэцкай сістэмы кіравання і бухгалтарскага ўліка. Незалежныя аўдыты ў галіне мэнэджмента і справаздачнасці ладзяцца ў рэгулярным парадку з моманта аднаўлення дзейнасці ЕГУ у Вільні ў 2006 годзе. Такога кшалту аўдыты адпаведным чынам зацверджваюцца кіруючымі органамі і супольнасцю донараў універсітэта.
У кастрычніку 2015 года кампанія Deloitte Lithuania прадставіла чарнавы праект аўдытарскай справаздачы, якая, на вялікі жаль, была падрыхтавана без правядзення неабходных кансультацый са старшынём альбо намеснікам старшыні Кіруючай рады ЕГУ. Калі такія кансультацыі ўсё ж абыліся бы, аўдытарам стала бы вядома, што пазначаныя ў праекце справаздачы «знешнія выплаты» фактычна з’яўляліся кампенсацыяй за канкрэтныя прафесійныя выдаткі па транспарце і жыхарству, якія мелі дачыненне да кіраўніцтва ўніверсітэта, што ў далейшым было прызнана і падчас працэса аўдыта Deloitte Lithuania. Такім чынам чарнавы варыянт справаздачы з’яўляўся няпоўным і меў шэраг супрацьлеглых свяржэнняў. У бліжэйшай будучыні адноўленная і выпраўленая версія аўдытарскай справаздачы будзе прадстаўлена да публікацыі, з чым разлічвае адпаведным чынам азнаёміцца і супольнасць ЕГУ.
Усяго за 2015-16 акадэмічны год было зладжана 3 знешніх аўдыта, якія былі ініцыяваны як непасрэдна ўніверсітэтам, так і яго донарамі. Найбольш актуальным і прафесійна выкананай з’яўляецца аўдытарская справаздача кампаніі KPMG Sweden, што была выканана па замове Шведскага агенцтва па міжнароднаму развіццю і супрацоўніцтву ў студзені 2016 года. Дадзеная справаздача прадстаўляе канструктыўныя рэкамендацыі, што накіраваны на прыбіранне існуючых хібаў у працы ўніверсітэта і забяспечанні дальнейшага развіцця ЕГУ.