Акадэмічная структура Еўрапейскага гуманітарнага ўніверсітэта ўключае два дэпартаменты — Сацыяльных навук і Гуманітарных навук і мастацтваў — а таксама дзве самастойныя праграмы: бакалаўрскую праграму «Інфарматыка», што рэалізуецца Школай лічбавых кампетэнцый, і праграму «Бізнес-эканоміка».